মির্জা ফখরুল ২০১১ সালে বিএনপির ভারপ্রাপ্ত মহাসচিব হন। এরপর ২০১৬ সালে দলের জাতীয় কাউন্সিলে আনুষ্ঠানিকভাবে মহাসচিব নিযুক্ত হন। দীর্ঘ এই সময়ে তিনি বিএনপির অন্যতম শীর্ষ নেতায় পরিণত হন। বিশেষ করে দলের দুই প্রধান নেতা খালেদা জিয়ার কারাবন্দিত্ব এবং তারেক রহমানের লন্ডনে নির্বাসনের পুরোটা সময় তিনি দলের গুরুত্বপূর্ণ নেতৃত্বে ছিলেন। এর মধ্যে আওয়ামী লীগ সরকারের সময় তিনি ছয়বার কারাগারে যান। বিগত সরকারের নানামুখী নির্যাতন ও প্রতিকূলতার মুখে তিনি দলের নেতৃত্ব দিয়েছেন। রাজনীতিতে তিনি একজন গ্রহণযোগ্য নেতা হিসেবে পরিচিতি লাভ করেন।

ত্রয়োদশ জাতীয় সংসদ নির্বাচনে ঠাকুরগাঁও–১ আসন থেকে সংসদ সদস্য নির্বাচিত হন মির্জা ফখরুল ইসলাম আলমগীর। এরপর প্রধানমন্ত্রী তারেক রহমানের সরকারের স্থানীয় সরকার, পল্লী উন্নয়ন ও সমবায়মন্ত্রীর দায়িত্ব পান মির্জা ফখরুল।